合优化了稳定性和密码子最优性蓝

MimJannat909

粉色和蓝色路径分别代表野生型和最佳稳定即最低能量序列。，这两个序列之间的二级结构截然不同，前者大多是单链容易在红环区域降解，而后者大多是双链。我们的算法只需 分钟即可完成此优化。，语言学左和生物学右之间的类比，其中确定性有限状态自动机  和前者的格解析被用来解决  设计。 受 词格 启发对所有候选  进行紧凑编码，并通过格解析同时折叠以找到最佳 图 。，设计空间的二维可视化，轴为稳定性，轴为密码子最优性。标准设计方法密码子优化改善了密码子使用粉色箭头。

但无法探索广阔的高稳定性区域虚线左侧， z的 疫苗产品就是例证○ 和  ▷ 。相比之下， 联色曲线，其中 λ 是后者的权重。通过考虑其他因素，我们选择了七种设计此处显示了四种用于  疫苗实验图这些设计显示出半衰期和蛋白质表达显着增强，并且与密码子 电话号码列表 优化相比，抗体反应多达 种基线。水痘带状疱疹病毒 Z  疫苗针对不同抗原和不同 的实验显示出类似的改进图证实了  的普遍性。 图片  图  生成的编码 蛋白的  序列的实验评估。与密码子优化基线相比，我们的  设计的化学稳定性、蛋白质表达。



及其在诱导抗刺突  中的免疫原性总结。， 的非变性琼脂糖凝胶表征，显示凝胶迁移率与最小自由能的相关性；有关凝胶源数据，请参见补充图 。，  在缓冲液 中孵育后  的化学稳定性。显示了完整  的百分比。数据来自三个独立实验。，转染至 细胞后 小时通过流式细胞术测定的的蛋白质表达水平。显示了来自三个独立实验的平均荧光强度  值。对  组进行方差分析  和  多重比较检验进行统计分析。例如，  小鼠  每隔 周用两剂配制的  进行肌内免疫。抗刺突  的终点滴度  。抗宽型的中和抗体水平。